Чаще всего монастыри сейчас возникают на месте уже когда-то существовавших обителей, как, например, Оптина пустынь. Наш монастырь вырос из иноческой общины в количестве восьми человек, собравшейся вокруг схиархимандрита Серафима (Томина), и ютились они первоначально в его домике в г. Оренбурге, в котором находится домовая церковь св. вмч. Пантелеимона.
Во время своего посещения Оренбургской епархии по случаю освящения храма во имя св. апостола и евангелиста Иоанна Богослова в селе Черный Отрог в 1996 г., Его Святейшество, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, благословил преобразовать общину в монастырь.
10 сентября 1996 года Михаило-Архангельский храм передан из прихода Свято-Покровской церкви п. Саракташа в иноческую общину.
Решением Священного Синода Русской Православной Церкви от 17 июля 1998 года монашеская община была преобразована в Свято-Андреевский мужской монастырь. Священноархимандритом монастыря до октября 2015 года являлся Высокопреосвященнейший Валентин, митрополит Оренбургский и Саракташский, ныне – Его Высокопреосвященство, Высокопреосвященнейший Вениамин, митрополит Оренбургский и Саракташский. Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II благословил обитель иконой апостола Андрея Первозванного.
Свято-Андреевский монастырь со дня его основания живет по строгому уставу. Богослужебный круг не прерывается ни на один день. Службы уставные, без сокращений. Когда монастырю был передан храм Архистратига Божия Михаила и впервые приехали его осмотреть – тогда еще живой – правящий Оренбургской епархией, митрополит Оренбургский и Бузулукский Леонтий (Бондарь, †1999) и отец Серафим, то увидели весьма плачевное состояние храма и построек. Ведь дом священника и церковную сторожку уже собирались разобрать на кирпич, а в храме, оскверненном за долгие годы безбожия, располагалась зернодробилка, и только вмешательство протоиерея Николая Стремского (благочинного Саракташского благочиннического округа, настоятеля Свято-Троицкой Симеоновой обители милосердия п. Саракташа) спасло от полного разорения то, что еще оставалось от некогда прекрасного архитектурного комплекса.
Начали с молитвы. «Главное – богослужение, все остальное – приложение» – эта весьма часто повторяемая установка отца Серафима по сей день остается важнейшим пунктом всей монастырской жизни, наряду с другим, не менее важным: «Храните мир и любовь. Где мир и любовь – там Бог». И Господь не посрамил упования: «Наипаче ищите Царствия Божия, и это всё приложится вам (Лк.12:31)». Сегодня в монастыре есть всё необходимое для нормальной жизнедеятельности.
За время существования обители был полностью реставрирован храм Архистратига Божия Михаила, построен новый двухэтажный деревянный братский корпус на 15 келий со вместительной трапезной, сооружены надворные постройки, столярная мастерская, гостиница для паломников с трапезной, проведен капитальный ремонт здания бывшей церковно-приходской школы, дома священника, проведен газ. Есть и свой огород. Обустроен источник на горе.
Небольшой монашеский хор (регент – игумен Евлогий) не только поет на богослужениях, но и исполняет духовные канты и песнопения а-капелла или под аккомпанемент старинной фисгармонии. Она была передана в монастырь схиархимандритом Серафимом (Томиным), а ранее этот прекрасный, до сих пор действующий инструмент принадлежал Свято-Успенскому женскому монастырю г. Оренбурга, закрытому безбожными властями в 1920-х гг.
В монастыре действует иконописная мастерская. Иконописец – иеромонах Дионисий (Казанцев).
За алтарной частью храма Архистратига Божия Михаила могилы отцов-основателей храма и монастыря: ктитора храма Михаила Алексеевича Чистозвонова, построившего храм, и схиархимандрита Серафима (Томина, †2013), создавшего монастырь в том виде, который он имеет сейчас.